Od 1937 r. Towarzystwo wydawało własne czasopismo zatytułowane Acta Biologiae Experimentalis, którego nazwę zmieniono w 1950 r. na Acta Physiologica Polonica. Tytuł został ponownie zmieniony w trakcie reformy czasopisma w 1991 r. na Journal of Physiology and Pharmacology. Od 2000 r. teksty artykułów są dostępne na stronach internetowych www.jpp.krakow.pl. Czasopismo znajduje się w bazach danych Sc Search®, Research Alert®, Current Contents®/Life Sciences, Index Medicus/MEDLINE, EMBASE/Excerpta Medica.

Journal of Physiology and Pharmacology jest obecnie jednym z najwyżej notowanych czasopism naukowych wydawanych w obrębie państw Europy Środkowej. Według "Journal Citation Reports 2003" (Philadelphia, ISI, 2005) Journal of Physiology and Pharmacology legitymuje się współczynnikiem impact factor = 2,804.

Czasopismo Journal of Physiology and Pharmacology jest otwarte na publikowanie w języku angielskim prac z sympozjów o charakterze fizjologicznym i patofizjologicznym oraz prac habilitacyjnych pod warunkiem spełnienia wymogów redakcyjnych.

Nową inicjatywą jest wydawanie angielskojęzycznych suplementów historycznych, które popularyzują dokonania polskiej fizjologii i nauk pokrewnych. W 2003 r. ukazał się pierwszy z serii zeszyt pod tytułem "Polish Historical Traces In Gastroenterology" (J. Physiol. Pharmacol. 2003, vol. 54, Supl. 3, pp. 330) dostępny także na stronie internetowej www.jpp.krakow.pl. W przygotowaniu są kolejne zeszyty m.in. z zakresu kardiologii.