Polskie Towarzystwo Fizjologiczne rozpoczęło swoją działalność w 1936 r. w Warszawie. Jego powstanie było w głównej mierze dziełem Profesorów Kazimierza Białaszewicza i Franciszka Czubalskiego. Pierwszy Oddział Towarzystwa powstał kilka miesięcy później we Lwowie.

Towarzystwo działa poprzez swoje Odziały w liczbie dwunastu, w bieżącym roku Zarząd Główny powołał do życia 2 sekcje, Gastroenterologiczną (Kraków) i Otyłości (Zabrze). Zadaniem Towarzystwa jest pogłębianie wiedzy fizjologicznej, upowszechnianie jej osiągnięć oraz zrzeszanie osób pracujących w tej dziedzinie nauk. Organem Towarzystwa jest kwartalnik Journal of Physiology and Pharmacology.

Organizacja jest członkiem Federation of the European Physiological Societies (Europejska Federacja Towarzystw Fizjologicznych) oraz International Union of Physiological Sciences (Międzynarodowa Unia Towarzystw Fizjologicznych).